Wieś założona w 1547 r. przez Danka z Miastka (obecnie Tylicz) jako Krzenycze. Od początku istnienia do pierwszego rozbioru wchodziła w skład tzw. Kresu Muszyńskiego należącego do biskupów krakowskich. W 1783 r. Krynicę wraz z całymi dobrami muszyńskimi przejął skarb austriacki, który wkrótce wysłał tu krajowego radcę górniczego, profesora uniwersytetu lwowskiego Baltazara Hacqueta celem zbadania i oceny krynickich źródeł. Jego pozytywna opinia legła u podstaw późniejszego rozwoju krynickiego zdrojowiska.

W 1793 r. austriacki komisarz rządowy z pobliskiego Nowego Sącza Franciszek Stix von Saunbergen zakupił tu ziemię ze źródłem wody mineralnej z myślą o założeniu zdrojowiska. Powstały pierwsze domy zdrojowe, ale gwałtowny rozwój nastąpił dopiero po 1856 r. dzięki działalności prof. Józefa Dietla. W 1877 r. kuracjuszy przyjmowało 11 domów uzdrowiskowych oraz w 64 domach prywatnych, w tym samym okresie powstała Komisja Zdrojowa. U schyłku stulecia Krynickie Zdroje odwiedzało blisko 6000 kuracjuszy rocznie.

W 1885 roku przybył do uzdrowiska znany hydroterapeuta Henryk Ebers, zostając m.in. dyrektorem CK. Zakładzie Hydropatycznym, radnym, inicjatorem budowy jednej z altan pijalni wód.

Dr Ebers zaprosił w 1909 r. do Krynicy ze Lwowa geologa Rudolfa Zubera, który stał się kolejną ikoną Krynicy.
W wyniku głębokich na 810 m wierceń odkrył wodę, jedną z najsilniejszych w Europie szczaw alkaicznych, zwaną od jego nazwiska Wodą Zuber.

Dalszy prężny rozwój uzdrowiska przypada na pierwsze lata XX w., powstają nowe wille i pensjonaty. W 1911 r. doprowadzona została linia kolejowa co spowodowało napływ nowych kuracjuszy, w tym samym roku Krynica uzyskała prawa miejskie. W rok przed wybuchem II wojny światowej Krynicę odwiedzało rocznie 38 000 osób. W styczniu 1937 r. w Krynicy bawiła w podróży poślubnej przyszła królowa Holandii, księżniczka Juliana wraz z mężem księciem Bernardem[6]. W okresie od stycznia 1944 r. do lutego 1945 r. Krynica była siedzibą ordynariusza apostolskiego Łemkowszczyzny Ołeksandera Małynowśkiego. Pod okupacją Krynica znajdowała się do 18 stycznia 1945 r. Wycofujący się Niemcy zabrali praktycznie wszystkie urządzenia, a wkraczające wojska Armii Czerwonej doszczętnie zdewastowały, co pozostało. Krynica z wojny odrodziła się tak naprawdę pod koniec lat 50. XX w.

Poza istniejącą już koleją ziemno-linową z 1937 r. na Górę Parkową w 1997 r. uruchomiono kolejkę gondolową na Jaworzynę (1114 m n.p.m.), która może przewieźć 1200 osób na godzinę.
Dzięki tej inwestycji Krynica-Zdrój stała się dużym ośrodkiem narciarskim.